故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年後。2005年的一天,東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一,如常地用手按停眼前的鬧鐘,踢開混亂的被鋪,低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾,光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風,哥哥」的送別聲下,騎上腳踏車出門,奔向那片初夏的青空……現在,冒險再度進化……
经受住了在贾布罗的保卫战的地球联邦军顺势而为,为了攻占吉翁地球进攻军的根据地敖德萨,展开了大反抗作战。阿姆罗他们乘坐的白色基地为了接收作战前的最后补给向贝尔法斯特航行。 在这样的情况下,白色基地被下达了任务。无人岛,通称“不归之岛”的残敌扫荡任务。 阿姆罗等人开始搜索残留的间谍,在那里看到的是不可能存在的孩子们和一台扎古。在战斗中失去高达的阿姆罗,遇到了自称是库库鲁斯·多安的男人。 揭露了岛上的秘密的阿姆罗能否再次找到高达并平安逃脱…?
对高中生Kei——以及至少46位其他学生——来说,永生是人生中最可怕的意外。可悲的是,Kei的这一壮举并不能让他成为超级英雄。在公众和政府眼中,他是一个稀有物种,需要被追捕并交给科学家进行终生实验——一个为了人类的利益必须死上千次的半人半兽。