小时候，日向翔阳从电视上看见排球比赛，乌野高中的一名小个子在球上的英姿，简直就是个“小巨人”。他对此印象非常深刻，并开始迷上排球，一直想成为“小巨人”一样的人。初中时排球部不够人数，他只好默默等待，后来在终于有新成员加入后，参与了第一次也是最后一次的比赛，然而他们不幸与最强队伍对决，结果当然落败了。单凭自己的话，是绝对没办法看见那景色的，不是自己一人的话，或许就能看见了。为了能够打出“胜利”的比赛，翔阳努力考入乌野高中，为实现成为“小巨人”的排球梦想而努力着！
半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
经受住了在贾布罗的保卫战的地球联邦军顺势而为，为了攻占吉翁地球进攻军的根据地敖德萨，展开了大反抗作战。阿姆罗他们乘坐的白色基地为了接收作战前的最后补给向贝尔法斯特航行。 在这样的情况下，白色基地被下达了任务。无人岛，通称“不归之岛”的残敌扫荡任务。 阿姆罗等人开始搜索残留的间谍，在那里看到的是不可能存在的孩子们和一台扎古。在战斗中失去高达的阿姆罗，遇到了自称是库库鲁斯·多安的男人。 揭露了岛上的秘密的阿姆罗能否再次找到高达并平安逃脱…?
