半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。 新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……
所有武斗家最为关注的最高级别的格斗盛典“奥林匹亚武斗大会”将在天空竞技场拉开序幕，小杰（潘惠美 配音）和奇犽（伊濑茉莉也 配音）兴奋非常，坐在看台上准备为好友智喜加油鼓劲。谁知就在此时，一群神秘之人突然窜入会场，封闭大楼。炼狱（山本美月 配音）绑架了猎人协会的会长尼特罗（永井一郎 配音），饿鬼压倒性地击败智喜，修罗（天野博之 配音）则控制住天空竞技场的所有通讯设备。在他们身后，存在一个当年被猎人协会抹杀的强者——杰德（中村狮童 配音）。满怀怨念的杰德不惜将灵魂卖给恶魔，并带着遭受了同样命运的暗影部落幸村者向猎人协会展开复仇。 怨和慈悲的对抗，光明和黑暗的角力……
电影在法国开始，反派和空中都市的王子（诹访部顺一配音）带着婴儿在一架飞艇上，空贼潜入飞艇把婴儿劫走，鲁邦三世半路杀出夺宝。 少女空贼尤缇卡（石川由依配音）阻拦不成反被袭胸，恼羞成怒之际扇了鲁邦一耳光，鲁邦从飞艇上掉进了塞纳河...... 鲁邦带着婴儿和一块记载了空族宝藏所在地的水晶跑回了据点，发现包里装着一个婴儿后，鲁邦与次元大介两个大男人的噩梦到了。毕竟偷盗是工作，鲁邦与次元两人带着婴儿又干了好几票盗窃案。直到钱形幸一警部跟着鲁邦的脚步来到了罗马。 因为与鲁邦有关，反派和王子就叫来钱形去夺回婴儿。另一方面，反派的秘书竟是峰不二子。 在一次盗窃中，鲁邦与次元被老叔追得逃进了古罗马斗兽场。尤缇卡乘机夺回婴儿逃回基地，不曾想鲁邦尾随而至，更意外的是空贼内部出了叛徒，最后族长（菅生隆之配音）把基地炸掉同归于尽，鲁邦次元带着婴儿与女主逃掉了......
