“潮死了——” 听闻青梅竹马・小船潮讣告的网代慎平，时隔2年回到了故乡和歌山市・日都岛。 家人和朋友再会，葬礼也顺利进行。然而，好友菱形窗却告诉慎平“潮的死存在可疑之处，有他杀的可能性”。 第二天又发生了邻居一家突然全部消失的事件。随着时间的推移，慎平又听到了一个不祥的传闻。 “看到与自己一样的影子的人会死。会被影子杀死——”并且，潮的妹妹・澪说“姐姐去世前3天看到了影子”…… 纪淡海峡上浮现的夏季小岛上，穿越时空的SF悬疑片，现在拉开了帷幕——
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
やじきた学園道中記 幻の皇一族編やじきた学園道中記 牡丹慕情編
2012年3月1日発売のコミック第8巻DVD付限定版付属のアニメDVDに収録のTV未放映オリジナルエピソード。
随着友哈巴赫攻入灵王宫，死神与灭却师展开了最终决战。灵王陨落，现实世界随之崩塌。昔日的宿敌联手突入已发生异变的宫殿，共同迎战威胁万物存续的危机。
几名试图打败邪恶，拯救人们安宁生活的小伙伴们组成了最强迷你特攻队，小小英雄将在此诞生……
